esta package
Contents
esta package#
Subpackages#
- esta.abinitBag package
- esta.antar package
- esta.c package
- esta.dpe package
- esta.externalBag package
- esta.fortran package
- esta.gamessBag package
- esta.gaussianBag package
- esta.general package
- Submodules
- esta.general.aadhaar module
- esta.general.add_const_to_dict module
- esta.general.add_vacuum_to_unit_cell module
- esta.general.affine module
- esta.general.atomic_Distance_Density module
- esta.general.average module
- esta.general.b module
- esta.general.bending_nanoribbon module
- esta.general.boltzmann module
- esta.general.cartAndSpherical module
- esta.general.charge_bader module
- esta.general.compare_scalar module
- esta.general.conjugate_gradient module
- esta.general.conversion_factors module
- esta.general.crystal_latticee module
- esta.general.direction_index2str module
- esta.general.distance_matrix_PBC module
- esta.general.distances_ase_esa module
- esta.general.entropy_data module
- esta.general.filter_vib_freq module
- esta.general.finding_vacuum_region2 module
- esta.general.free_energy_ethane module
- esta.general.from_pos2xyz module
- esta.general.get_ACF_bader module
- esta.general.get_com module
- esta.general.get_configs module
- esta.general.get_configs_btw2strs module
- esta.general.get_labelling_atoms module
- esta.general.get_moved_atom_n_symb module
- esta.general.get_poscar_from_cxyz module
- esta.general.get_range_from_intervals module
- esta.general.get_rotation_matrix module
- esta.general.integration1D_over_a_cutoff module
- esta.general.list_grouped_and_unique module
- esta.general.manipulate module
- esta.general.metric_tensor module
- esta.general.min_trans_rot module
- esta.general.niggli_reduce module
- esta.general.operation module
- esta.general.peak_position_and_average_1D module
- esta.general.pseudo_info module
- esta.general.rate_const_IS0_TS1 module
- esta.general.read_force_constant module
- esta.general.read_jmol module
- esta.general.read_kappa module
- esta.general.read_xyz module
- esta.general.reciprocal_lattice module
- esta.general.rename module
- esta.general.reverse_array module
- esta.general.shift module
- esta.general.shift0 module
- esta.general.shift_atom_test_old module
- esta.general.shift_poscar module
- esta.general.sum_dictionaries module
- esta.general.symbol_from_atm_number module
- esta.general.thermo module
- esta.general.thermo2 module
- esta.general.unique_array module
- esta.general.use_pbc_ASE module
- esta.general.xsf2cube module
- esta.general.xyz module
- esta.general.xyz_grouped module
- esta.general.xyz_images module
- Module contents
- esta.grrmBag package
- Submodules
- esta.grrmBag.LUPINP module
- esta.grrmBag.a module
- esta.grrmBag.com2xyz module
- esta.grrmBag.get_IRC_path module
- esta.grrmBag.get_LUP module
- esta.grrmBag.get_LUPINP module
- esta.grrmBag.get_LUP_profile_advv module
- esta.grrmBag.get_nTS_nEQ_nPT module
- esta.grrmBag.input_grrm module
- esta.grrmBag.input_grrm_advv module
- esta.grrmBag.output_grrm module
- esta.grrmBag.output_grrm_ITR_adv module
- esta.grrmBag.output_grrm_ITR_adv1 module
- esta.grrmBag.output_grrm_ITR_adv2 module
- esta.grrmBag.output_grrm_ITR_adv3 module
- esta.grrmBag.output_grrm_ITR_adv4 module
- esta.grrmBag.output_grrm_ITR_adv5 module
- esta.grrmBag.output_grrm_PT module
- esta.grrmBag.output_grrm_RxnMap6 module
- esta.grrmBag.output_grrm_TS module
- esta.grrmBag.output_grrm_init module
- esta.grrmBag.plot_strs_energy module
- esta.grrmBag.search_structure2 module
- esta.grrmBag.search_structure2_mod module
- esta.grrmBag.search_structure3 module
- esta.grrmBag.to_location module
- esta.grrmBag.to_location_adv module
- esta.grrmBag.write_xyz module
- esta.grrmBag.x module
- Module contents
- esta.kspace package
- esta.measure package
- esta.mlBag package
- esta.orcaBag package
- esta.phonon package
- Submodules
- esta.phonon.atm_displacements module
- esta.phonon.atm_displacements_selective module
- esta.phonon.atm_displacements_selective_general_disp module
- esta.phonon.fc_and_freq_selected_atoms module
- esta.phonon.force_constant_and_frequencies_selective_subspace_ module
- esta.phonon.force_constant_and_frequencies_selective_subspace_general module
- esta.phonon.force_constant_and_frequencies_selective_subspace_general_adv module
- esta.phonon.forces module
- esta.phonon.forces_selective module
- esta.phonon.sum_freq_and_zpe module
- esta.phonon.x_error_force_constant_and_frequencies_selective_subspace module
- esta.phonon.yaml_read_band module
- Module contents
- esta.phononBag package
- Subpackages
- esta.phononBag.phonopy package
- Submodules
- esta.phononBag.phonopy.eigen_vector module
- esta.phononBag.phonopy.eigenvector module
- esta.phononBag.phonopy.get_phonon_disp_with_phdos module
- esta.phononBag.phonopy.gruneisen module
- esta.phononBag.phonopy.phonon_dispersion module
- esta.phononBag.phonopy.projected_phonon_dos module
- esta.phononBag.phonopy.read_force_constant module
- Module contents
- esta.phononBag.phonopy package
- Submodules
- esta.phononBag.get_dynG module
- esta.phononBag.intensity module
- esta.phononBag.ir_intensity module
- esta.phononBag.read_force_constant module
- Module contents
- Subpackages
- esta.plot package
- Submodules
- esta.plot.atomic_Distance_Density module
- esta.plot.atomic_distance_density_class2 module
- esta.plot.broken_axis_plot__most_done_only_axis_allignmnet_left module
- esta.plot.charge_bader module
- esta.plot.free_energy_2 module
- esta.plot.multiplot module
- esta.plot.plot2D module
- esta.plot.plot_2Ddata_NEB module
- esta.plot.plot_2Ddata_NEB_adv module
- esta.plot.plot_bar_chart_bader module
- esta.plot.plot_free_energy_vs_reaction_coordinate_adv module
- esta.plot.plot_pdos_Natoms_contribution_adv_both_spin_possible module
- esta.plot.plot_pdos_with_atoms_contribution_2plots_qe module
- esta.plot.plot_xanes_ module
- esta.plot.plotxy module
- esta.plot.plotxy0 module
- esta.plot.plotxy1 module
- esta.plot.plotxy_adv module
- esta.plot.plotxy_advv module
- esta.plot.polar_plot module
- esta.plot.tex_demo module
- Module contents
- esta.pointGroup package
- esta.pymatgenBag package
- esta.qeBag package
- Submodules
- esta.qeBag.23 module
- esta.qeBag.bands_kpts_band_gap module
- esta.qeBag.gen_qeinput module
- esta.qeBag.gen_qeinput2 module
- esta.qeBag.gen_qeinput_adv module
- esta.qeBag.get_bands_kpts_band_gap_adv3 module
- esta.qeBag.get_output_qe module
- esta.qeBag.get_xyz_from_qe_rlxout module
- esta.qeBag.neb_qe module
- esta.qeBag.neb_qe1 module
- esta.qeBag.parse_pseudo module
- esta.qeBag.pspot_core_states module
- esta.qeBag.rate_const_adv module
- esta.qeBag.read_dynmat_adv module
- esta.qeBag.read_write module
- esta.qeBag.read_write0 module
- esta.qeBag.sum_pdos_atom module
- esta.qeBag.xbands_kpts_band_gap module
- esta.qeBag.xml_qe module
- esta.qeBag.zpe module
- Module contents
- esta.siestaBag package
- esta.spaceGroup package
- esta.surfReact package
- esta.transitionState package
- esta.turbomoleBag package
- esta.vaspBag package
- Subpackages
- esta.vaspBag.inout package
- Submodules
- esta.vaspBag.inout.crystal_lattice module
- esta.vaspBag.inout.diameter_or_area_nanowire module
- esta.vaspBag.inout.get_labelling_atoms module
- esta.vaspBag.inout.lattice module
- esta.vaspBag.inout.old_reciprocal_lattice module
- esta.vaspBag.inout.read_eigenval module
- esta.vaspBag.inout.read_eigenval_file module
- esta.vaspBag.inout.read_outcar module
- esta.vaspBag.inout.read_outcar_file module
- esta.vaspBag.inout.read_poscar module
- esta.vaspBag.inout.reciprocal_lattice module
- esta.vaspBag.inout.shift_to_origin module
- esta.vaspBag.inout.xml_vasp module
- esta.vaspBag.inout.xml_vasp_ASE module
- esta.vaspBag.inout.xml_vasp_hse module
- Module contents
- esta.vaspBag.postproc package
- esta.vaspBag.rotateAxisUnitCell package
- esta.vaspBag.inout package
- Submodules
- esta.vaspBag.add_vacuum_to_unit_cell module
- esta.vaspBag.band_gap module
- Module contents
- Subpackages
- esta.xtbBag package
Submodules#
esta.bonds module#
estimate the bond length between list of atoms
- esta.bonds.get_bond_length(atomlist1, atomlist2, element_property=None)#
estimate the bond length between list of atoms
- Parameters
atomlist1 (object) – element or atomic list1
atomlist2 (object) – element or atomic list2
- Returns
bond_length – an array of atomic distances between atoms
- Return type
array
esta.dict_to_xlsx_csv module#
- esta.dict_to_xlsx_csv.get_xlsx_csv_file(data_list)#
save data in xlsx and scv file from the input list of dictionaries containing data for each gaussian input file/ or similar files
- Parameters
dictionaries) (data_list (list of) –
- Return type
save data in the xlsx or csv format in file output.xlsx or output.csv
- ..note::
the input is list of dictionaries of equal number of eneteris
esta.element module#
- esta.element.elements_data(atoms_symbols)#
define Element object and then extract the elements properties
- Parameters
atoms_symbols (list of str) – list of atomic symbols
- Returns
element_obj – element_obj from which different elemental properties can be extracted; e.g. atomic_radius, atomic_volume, electron_affinity, etc
- Return type
obj
See also
elements_propeties.md
,elements
esta.element_data module#
esta.extract_data module#
extract data from a general file present in the array of columns. The text data present in the file is excluded
- esta.extract_data.data_from(filename, columns=None)#
extract column/s data from the file
- filename: str
name of the file
- columns: list of integers
columns from which the data to be extracted
- dataarray
array data with n = no. of columns in in columns input
esta.interval2Range module#
- esta.interval2Range.get_range_int_from_intervals(list_of_intervals)#
get range of integers from intervals (in the form of strings)
list of intervals: e.g. [‘1’,’2-4’,’6-10’] note that elements of list are strings
range of intervals: e.g. [1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 9, 10] note that elements are integers
esta.log module#
print a foote information to the log.
- esta.log.log_header(level=20)#
print a header containing information about esta to the log.
esta.printlog module#
esta.to_format module#
- esta.to_format.to_format(num_array, filename=None)#
convert numpy array data in matrix format(rank 2 array) or rank 1 array to csv or xlsx format
esta.to_yaml module#
- esta.to_yaml.to_yaml(dict_input, out_yaml=None)#
store the dictionary input into yaml file
Module contents#
EStA (electronic structure analyzer) aka pytware for analyzing and calculating the electronic structure of molecules and materials.
Note
More to implement… such as TB models, transport related problems etc. Some keywords are: lattice thermal transport in with and without defects; electronic structure TB calculations; heterogeneous catalysis
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email: sonukumar.physics@gmail.com